Megkapta a múzeumi működési engedélyt a hosszú időn át csak városi legendákból ismert Sziklakórház.
A főváros alatt húzódó barlangrendszer a második világháború óta szigorúan titkos kórházat, később pedig atombunkert rejtett. A jelenlegi kiállítás -a 2005- 2006-os színházi előadásokat követően - 2007-ben nyílt meg a látogatók előtt. Ma már a kulturális örökség részét képezi a tárlat, amely eredeti helyszínen, változatlan állapotában mutatja be a kórház második világháborús és a későbbi atombunker hatvanas évekbeli berendezését.
A kiállítás gerincét az egykori Székesfőváros Sebészeti Szükségkórháza alkotja. A föld alatti járatokban a második világháború közeledtével fogtak hozzá az óvóhelyrendszer kialakításához. 1943-ra létrejött a szükségkórház, amely eredetileg a János-kórházhoz tartozott, és amelyet a kor legmodernebb technológiájával szereltek fel: a műtőkkel és röntgengéppel is ellátott létesítmény saját áramellátással rendelkezett. A kórházat a légiriadókat leszámítva csak 1944 februárjában kezdték el használni, és a háború végéig folyamatos betegellátás zajlott a falak között.
Budapest ostromakor a kórház túlterheltté vált: a kétszáz fő befogadására tervezett óvóhelyen hatszáznál is több sebesültet ápoltak. Mivel a felszínen zajló hadműveletek megrongálták Budapest vízvezeték-hálózatát, a kórház is víz nélkül maradt, és a légkezelő rendszer túlterheltsége miatt a hőmérséklet elérhette a harmincnyolc fokot is. Az ostromállapot elvágta a Sziklakórházat a Szent János Kórháztól, emiatt a kötszereket kénytelenek voltak egymás után többször felhasználni, és a Várban elhullott lovak húsából főztek a hatszáz beteg és a nagy számú személyzet számára. A halottakat éjszakánként a Szentháromság térre vezető kijáraton keresztül szállították el, bombatölcsérekbe temették el őket.
A tárlaton a látogatók is végigkövethetik a második világháborús sérültek útját a betegfelvételtől a műtőn át a teljesen berendezett kórtermekig, ahol megismerkedhetnek a teljes korabeli kórházi felszereléssel. Korhű jelmezekbe öltöztetett hetven viaszfigurájával a Sziklakórház Európa egyik legjelentősebb panoptikuma: a kiállítás eredeti tárgyi anyagát életnagyságú viaszfigurák teszik életszerűbbé.
A háború után a föld alatti helyiségeket raktárként, lőtérként használták, majd titkos katonai kórházként üzemelt tovább. 1956-ban a János-kórházból és a Várból érkező orvosok ismét megnyitották a kórház kapuit. Az október 23-i forradalom kitörésétől egészen 1956 karácsonyáig itt látták el a harcok sebesültjeit, és hét gyermeket segítettek világra a Sziklakórház falai között, akik ma is visszatérő vendégei a múzeumnak. A föld alatti termek az ötvenes évek végén kerültek ismét a figyelem középpontjába: a létesítmény továbbfejlesztését ekkor már az a törekvés jellemezte, hogy a bunkert a nukleáris fenyegetettséggel szemben is ellenállóvá tegyék. A kiállításon megtekinthetők az atomtámadás esetére 1956 után kialakított helyiségek és berendezések a vegyi mentesítő készletektől és a védőfelszerelésektől a sugárzás mérésére szolgáló Geiger-Müller-számlálóig.