A Crohn betegség véglegesen nem gyógyítható. Jobb-rosszabb periódusok, panaszmentes időszakok váltogathatják egymást. A betegséget karban lehet tartani, de rendszerint a gyógyszeres kezelés csak átmenetileg szüneteltethető és esetleg műtéti beavatkozásra is sor kerülhet.