A szökőkutakat nem fürdésre tervezték, főleg a nyári kánikulák idején az emberek mégis felüdülést keresnek vizükben.
Ha a szökőkutak vize szennyeződik, és nem gondoskodnak a megfelelő tisztításról, fertőtlenítésről, illetve ha a szökőkút nem üzemel folyamatosan, a kút belső felszínén olyan élőbevonat alakul ki, amit a hagyományos tisztítási technológiával nehéz eltávolítani. A kialakult élőbevonat mellett a 25°C feletti vízhőmérséklet szintén kedvező feltételeket teremt számos mikroorganizmus elszaporodásához, közülük kiemelten fontos egy "feltételesen kórokozó" (opportunista patogén) baktérium, a Legionella.
Az ÁNTSZ Országos Környezetegészségügy Intézetének tájékoztatója szerint a Legionella baktériumok az egészséges emberre nézve veszélytelenek, azonban az immunrendszer akár átmeneti károsodása vagy teljesítőképesség-csökkenése esetén enyhébb-súlyosabb megbetegedést válthatnak ki.
A Legionella baktériumok kis csíraszámban szinte bármilyen édesvízi környezetben megtalálhatóak, innen a vízhálózatokon keresztül jutnak a szökőkutakba. A nyári kánikula idején az előbb említett kedvező feltételek elősegítik elszaporodásukat. Mivel a szökőkutakban üzemelés közben nagy mennyiségű vízpermet keletkezik, azaz a Legionellákat tartalmazó vízből olyan kis méretű vízcseppek is képződhetnek, amelyek a tüdő léghólyagocskáiba is képesek lejutni, és helyileg gyulladást okozni.
A Legionella fertőzésnek két fő megnyilvánulását ismerjük, a heveny influenzaszerű tünetekkel járó, magától gyógyuló Pontiac-lázat; valamint a tüdőgyulladással járó legionárius betegséget, amelynek megjelenési formái változatosak: az enyhe köhögéstől és hőemelkedéstől kezdve a súlyos légzési elégtelenségig.
A szökőkút vizének esetleges szennyezettsége (talaj, állati ürülék) következtében a hasmenést okozó mikroorganizmusokkal (egysejtűek és vírusok) való fertőződés lehetősége is fennáll, amelyre a gyerekek a felnőtteknél fogékonyabbak. Az esetleges fertőződéseket megelőzendő, fontos, hogy az emberek a kánikula idején is tartsák be a higiénés szabályokat, és ne használják fürdésre a szökőkutak vizét.