Alapvetően neki köszönhető az Országos Kardiológiai Intézet megalakulása, amelynek haláláig igazgatója volt.
A háború után az elsők között használhatóvá vált Koltói Anna kórház egyik belosztályát szervezte meg, majd igazgató lett. 1950-ben a Tétényi úti kórház átépítését segítette orvos szakértőként, majd az egész intézetet igazgatta két éven át – olvasható a nol.hu oldalán.
Gottsegen 1944-ben apósa lakásában kórházat rögtönzött, ahol sok sebesültet gyógyított. A zsidókórházból még időben kivándorolt barátja, Lax Henrik vízumot küldött neki, ő azonban
a megannyi szenvedés ellenére sem akart megválni szülőföldjétől.
1956-ban ugyanezen barátja Bécsig jött érte, de Gottsegen, aki mindig Pesten élt, lánya visszaemlékezése szerint a következőt mondta: „ha disszidálni akarnék, Budára költöznék."
Az 1956-os forradalom után Gottsegen mégis meggyőzte az egészségügyi minisztert egy kardiológiai intézet létrehozásának fontosságáról, egy év múlva döntöttek az Országos Kardiológia Intézet felállításáról. Egy 1956-os külföldi segélynek köszönhetően az első szívműtétet 1957 decemberében elvégezhették – olvasható Emed Alexander néhány éve megjelent visszaemlékezésében. Gottsegen egyetemi tanári kinevezéssel igazgatta a formálódó komplexumot. Egy nemzetközi szakmai kongresszuson, 1965. május 7-én Dubrovnikban váratlanul elragadta a halál.
Egyik alapító tagja volt a Kardiológiai Szakosztálynak, ami a mai Magyar Kardiológusok Társaságának jogelődje. Az Országos Kardiológiai Intézet alapításának 40. évfordulóján, 1997-ben az intézet aulájában felavatták emléktábláját. Az intézet ekkor vette fel a Gottsegen György Országos Kardiológiai Intézet nevet.