Az IBS rendkivűl szerteágazó panaszokat okozhat, ezek között szerepelhet a fájdalom is, de nem ez a jellemző. Az IBS diagnózisa akkor mondható ki, ha szervi elváltozást nem tudunk kimutatni és az esetleges egyéb betegségeket ( pl. étel- allergia) is kizártuk. Sokszor azonban a fájdalom okát nem sikerül megtalálni.