A Crohn betegségnek több stádiuma van és a panaszok nagyrészt ettől függenek. Kezdetben erősebb, állandó jellegű de nem görcsös fájdalom a jellemző, típusos esetben a jobb alhasban. Nem ritkán ezért lehet összetéveszteni a féregnyúlvány gyulladásával (vakbélgyulladás).