Számos autoimmun betegség van, közöttük bőr, szív, tüdő, izület, izom, pajzsmirigy, vese, máj betegségek. Nincs olyan vizsgálati módszer, ami önmagában az összes autoimmun betegségre választ adna. A klinikai tünetek, panaszok alapján célirányosan kell a vizsgálatokat elvégezni azon szerv irányában, amelyre vonatkozóan a gyanú felmerül.